Karl Kaiser studierte an den Musikhochschulen Köln und Münster. Parallel dazu studierte er Theologie, Philosophie und Musikwissenschaften an den Universitäten in Bonn und Köln, entschied sich dann aber für den Beruf des Musikers. Seitdem konnte er sich als Solist, Kammer- und Orchestermusiker im Bereich der historisch informierten Aufführungspraxis sowie als Pädagoge einen hervorragenden Namen machen.
Nach vielfältigen und inspirierenden Erfahrungen mit sehr verschiedenen Ensembles und Orchestern und der Musik vom 17. bis zum 20. Jahrhundert konzentriert sich Karl Kaiser heute auf wenige, sich ergänzende Ensembles.
Karl Kaiser ist Gründungsmitglied des Orchesters La Stagione Frankfurt unter Michael Schneider und Solist auf CDs mit Flötenkonzerten von Telemann, Abel und Holzbauer.
Er ist seit 30 Jahren Flötist der Camerata Köln mit weltweiten Konzerten und mit mehr als 50 CDs, die einen großen Teil der barocken und frühklassischen Kammermusik dokumentieren.
Seit vielen Jahren ist er Mitglied des Freiburger Barockorchesters und spielte als Solist Flötenkonzerte von Wilhelm Friedemann Bach, Johann Christian Bach und Johann Sebastian Bach auf CD ein.
Karl Kaiser ist Flötist des Ardinghello-Ensembles für romantische Kammermusik. Bei MDG erschienen die Ersteinspielungen der Quartette für Flöte und Streichtrio von Franz Danzi und der Quintette von Andreas Romberg.
Karl Kaiser unterrichtet als gefragter Professor für Traversflöte an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Frankfurt und an der Musikhochschule in Freiburg. Im Verlag con brio erschien 2010 von ihm das Buch Basiswissen Barockmusik. Anfang 2014 erschien im Verlag Walhall sein Buch Principes de la flûte über die Lehren des Jacques Hotteterre.
