Seit Jahrzehnten ist Karl Kaiser nach seinen Studien in Bonn, Köln und Münster bekannt durch seine Konzert- und CD-Tätigkeit mit sehr verschiedenen Orchestern und Ensembles. Vor allem die 28 Jahre als Soloflötist des Freiburger Barockorchesters haben ihn geprägt und erfüllt. Heute konzentriert er sich auf die für ihn wichtigsten Ensembles und musikalischen Partner und seine Tätigkeit in der Lehre der Historischen Aufführungspraxis.
Karl Kaiser ist Soloflötist des Orchesters La Stagione Frankfurt unter Michael Schneider.
Seit über 30 Jahren ist er Mitglied der Camerata Köln für barocke und klassische Kammermusik.
Außerdem ist er Flötist des Ardinghello Ensembles für romantische Kammermusik.
Mit diesen Ensembles ist er auf den Bühnen unterwegs. Er ist auf mehr als 100 CDs mit den wichtigsten Kammermusik- und Solowerken für Flöte vom Barock bis zur Romantik zu hören.
Karl Kaiser unterrichtete als Professor für Traversflöte fast 30 Jahre an den Musikhochschulen Frankfurt und Freiburg. Heute gibt er sein Wissen in Kursen an die junge Musikergeneration weiter. Sein Basiswissen Barockmusik erschien im ConBrio-Verlag und sein Buch über die Principes de la flûte des J. M. Hotteterre im Verlag Walhall. Neueditionen ergänzen seine pädagogischen Bemühungen.