La flûte à bec possède un timbre clair, souvent éclatant et riche en sonorités aiguës; cependant, les flûtes graves n’émettent pas de sons particulièrement forts ou puissants. La flûte à bec se marie bien entendu très bien avec d’autres flûtes à bec. Des instruments à clavier tels que le clavecin et l’orgue, auxquels se joindront peut-être un violoncelle ou une viole de gambe, l’accompagneront à merveille dans l’interprétation des nombreuses sonates et suites solo du répertoire baroque.
Le luth et le théorbe s’accordent également parfaitement aux flûtes à bec en raison de leur son plutôt discret qui s’évanouit rapidement. Citons également le violon et tous les autres instruments à cordes, mais aussi les instruments à vent en bois tels que le hautbois ou le basson qui se prêtent merveilleusement au jeu au sein d’ensembles de plus grande taille. Notons néanmoins que pour les instruments à vent en bois, il convient d’utiliser des répliques d’instruments baroques – ou, selon le style de musique à interpréter – ou d’instruments encore plus anciens, ces derniers émettant des sons un peu moins forts et plus aigus que leurs descendants «romantiques» (et utilisés habituellement de nos jours). La combinaison du chant et de la flûte à bec permet des effets très réussis et enrichissants.